Противопоказанием к применению препарата является повышенная чувствительность животного к его компонентам. Запрещается применение Ветмедин при гипертрофической кардиомиопатии и клинических состояниях, при которых не может быть увеличен сердечный выброс крови из-за функциональных или анатомических особенностей (например, стеноз аорты), при тяжелых поражениях печени, в связи с тем, что препарат в основном метаболизируется в печени.
Щенным и лактирующим сукам Ветмедин применяют под контролем лечащего ветеринарного врача в случае, если потенциальный риск для матери превосходит риск для плода и щенков.